Coincido con Francisco. Si en Lilypond la salida (la partitura) la generas en SVG (scalar vector graphics) la abres directamente en Inkscape que es un programa de dibujo vectorial que trata la partitura como elementos gráficos y puedes hacer de todo. La curva de aprendizaje de Inkscape es más suave que de Lilypond y hay buenos tutoriales, aunque es muy poderosa por lo que la curva puede ser mayor según el uso que se le va a dar. También puedes importar a Inkscape archivos .pdf pero para música tienes que decirle que use la librería externa Poppler/Cairo. (Yo trabajo con Linux así que no sé si será exactamente igual en otros sistemas operativos).
También puedes hacer en Lilypond notaciones gráficas dentro de un \markup. Puedes incluir imágenes externas en formato .eps (nuevamente aparece Inkscape para hacerlas) o hacer dibujos simples o complejos como \markup con \path o con \postscript, que esencialmente es lo mismo. Ahí conviene aprender un poco del lenguaje postscript según lo que necesites dibujar. Si trabajas con \postscript sólo se ven los dibujos en pdf y no en svg.
Tener la partitura (página por página) en .svg y editarla en Inkscape es lo más sencillo o hacer los dibujos .eps en Inkscape y usarlos como notación gráfica en un \markup con \epsfile.
Ricardo (desde Venezuela)