Não sou usuário de Epub e confesso que é um assunto ao qual não pesquisei, mas lembrei de um fato que li no sei do Aurelio que pode dar pistas de como proceder.
Como o assunto abordado lá é usada uma solução em Shell e usando Sed, acredito que uma resposta aqui não fere as diretrizes da lista e pode lhe ser útil ao mesmo tempo.