He hecho pruebas en otra máquina con Windows XP y funciona perfectamente, la vista previa, la actualización... Debe ser que el Windows Vista no se lleva bien con alguno de los dos -Lilypond o LyX-, la verdad, es el primer problema que me plantea el Vista.
Seguiré probando. Ya he intentado cambiar el PATH, pero debe fallar algo más; la verdad es que ahora que me funciona en XP ya no me preocupa en exceso. Gracias.