Eu sempre prefiro usar as ferramentas padrão do UNIX/Linux.
No caso de automação de scripts, programas a ferramenta adequada como foi citado aqui é o "expect".
$ cat example1
#!/usr/bin/expect
expect "password: "
send "passDoUser\r"
expect "$ "
send "ps aux\r"
expect "$ "
send "exit\r"
$ chmod u+x example1
$ ./example1
Neste exemplo você autentica o usuário via SSH e roda o "ps aux" na máquina remota. Claro, você também pode editar e fazer com que ele digite "YES" para você, ou até mesmo passar argumento pro script com uma senha/comando/yes.
Atenciosamente,
Alexandre Mulatinho