Gostei da resposta com awk Hudson, mas considerar o 5 como delimitador acho um risco e incerto, apesar do exemplo levar a crer na possibilidade, mas acho que é só coincidência pelo trecho escolhido.
Então sob essa inspiração, dou um pitaco com uso de awk que acho mais conciso:
awk '$0 !~ /^[09]{5}/ {linha[substr($0,1,3)";"substr($0,46,4)]++} END {for (final in linha) print final";"linha[final]}' arq.txt | sort -nr -k3 -t";"