Re: [shell-script] usando shell em sequencias de DNA

[Douglas Milanez]

Graciela, como vai o mestrado no LNCC?
Pretendo fazer o mesmo!
O bom é que já fica um contato... :D

Segue um script:

--------Início Script:-------------


#!/bin/bash
for linha in $(cat $1)
do
 if [ $(echo $linha | grep '>') ]
 then
  valor=1
  continue
 fi
 if [ $valor -eq 1 ]
 then
  echo $linha | cut -c 1-3
  valor=0
  continue
 fi
done
-------------Fim Script ---------------------

Aplicação:

$./script.sh /path/file

onde /path/file é o caminho do arquivo que contém as sequências de DNA.

Espero ter ajudado. Qualquer duvida, é só falar!

PS. Gostaria de manter contato! ;)

-- 
[]´s,
Douglas Milanez.


[As partes desta mensagem que não continham texto foram removidas]