To get valadoc, you need to specify the vapidir, otherwise it cannot find gobject-2.0 and glib-2.0
$valadoc -o doc/vd --vapidir="/usr/share/vala-0.16/vapi/" --force --wiki="doc" -b ./
valadoc -o doc/vd --vapidir="/usr/share/vala-0.16/vapi/" --pkg gee-1.0 --force -b ./ ./*.vala
valadoc ./*.vala -o doc/dv --force --vapidir="/usr/share/vala-0.16/vapi/" --pkg gcrypt --pkg gee-1.0 --pkg gio-2.0 --pkg posix --pkg posix_extras --pkg linux --pkg libpth --vapidir="." -b .
Failed: 1 error(s), 0 warning(s)
valadoc *.vala -o doc/vd  --pkg gcrypt --pkg gee-1.0 --pkg gio-2.0 --pkg posix --pkg posix_extras --pkg linux --pkg libpth --vapidir="/usr/share/vala-0.16/vapi/" --vapidir="."