Re: [Gnumed-bugs] Error bootstrap v21 v22

[Karsten Hilbert]

On Sun, Apr 15, 2018 at 10:45:50AM +0200, slappinjohn wrote:

> Testing in psql leads to
> 
> select fk_stay from blobs.lnk_doc2hospital_stay where fk_document =
> blobs.doc_med.pk
> gnumed_v21-# ;
> ERROR:  missing FROM-clause entry for table "doc_med"

Das ist normal, zum Testen müßte es sein:

        select fk_stay from blobs.lnk_doc2hospital_stay, blobs.doc_med where 
fk_document = blobs.doc_med.pk;

> gnumed_v21=# update blobs.doc_med set
> gnumed_v21-#     fk_hospital_stay = (
> gnumed_v21(#         select fk_stay from blobs.lnk_doc2hospital_stay where
> gnumed_v21(# fk_document = blobs.doc_med.pk
> gnumed_v21(#     )
> gnumed_v21-# ;
> ERROR:  column "fk_hospital_stay" of relation "doc_med" does not exist

Das auch, denn die wird erst in v22 hinzugefügt.

Das eigentliche Problem steht hier:

>> Traceback (most recent call last):
>>   File "/var/lib/gnumed/Gnumed/pycommon/gmPsql.py", line 137, in run
>>     curs.execute(curr_cmd)
>>   File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/psycopg2/extras.py", line 144,
>> in execute
>>     return super(DictCursor, self).execute(query, vars)
>> InternalError: UPDATE into blobs.doc_med: Sanity check failed.
>> fk_encounter=2907 -> patient=761. fk_episode=1539 -> patient=768.
>> KONTEXT:  PL/pgSQL function clin.trf_sanity_check_enc_epi_ins_upd() line 22 
>> at RAISE

Beim Upgraden der Dokumententabellen wird die innere
Konsistenz überprüft. Dabei stellt sich heraus, daß es ein
Dokument gibt, bei dem als Encounter die 2907 und als Episode
die 1539 verlinkt sind. Encounter (a) und Episode (b) gehören
aber nicht zum selben Patienten (sondern zu Patient 761 (a)
und Patient 769 (b)).

Solche Zuordnungsfehler können früher mal entstanden sein, im
Zuge von Problemen mit dem Patientenwechsel. Daher ist mit
hoher Wahrscheinlichkeit auch eher das Encounter falsch als
die Episode.

Man muß die Probleme erst in der v21-Datenbank beseitigen,
ehe ein Upgrade möglich wird.

Für diesen Fall habe ich ein Werkzeug eingebaut:

        man gnumed

für die Version 1.7.1 listet auf:


       --tool=TOOL
              Run the named TOOL instead of a GUI.

              Currently known tools are:

                   check_enc_epi_xref:  Cross-check  that 
                                   foreign keys values in any given row of
                                   any table carrying both of fk_episode and
                                   fk_encounter do point to episodes and
                                   encounters, respectively, of the very same
                                   patient.

                   export_pat_emr_structure: Export the EMR
                                   structure (issues and episodes) of a
                                   patient into a text file.

        EXIT STATUS
               Upon normal execution the exit status will be 0.

               If an error occurred while trying to run a tool, the exit status 
will be < 0.

               If an unknown tool was requested, the exit status will be -1.

               If an error occurred while a known tool was run, the exit status 
will be < -1.

Man sollte also mal

        $> gnumed --debug --tool=check_enc_epi_xref

laufen lassen. Das produziert dann mehrere Dateien, die
Informationen zum Problem enthalten. Die kann man nutzen, um
die Fehlverlinkungen in der Datenbank aufzulösen. Dann kann
man upgraden.

Karsten
--